Σε αυτό το άρθρο, θα καλύψουμε το καλύτερο δωρεάν λογισμικό Molecular Modeling^{(Molecular Modeling software)} για υπολογιστή Windows 10^{(Windows 10)} . Χρησιμοποιώντας αυτό το δωρεάν λογισμικό, μπορείτε να δημιουργήσετε μοντέλα από διάφορες απλές έως πολύπλοκες χημικές ενώσεις. Αυτή η συλλογή λογισμικού είναι χρήσιμη για τους φοιτητές βιοπληροφορικής, χημικής μηχανικής κ.λπ. Μπορείτε να προσθέσετε διαφορετικά στοιχεία από τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} για να σχηματίσετε μια χημική ένωση. Επιπλέον, σε αυτό το λογισμικό, μπορείτε επίσης να προβάλετε μια χημική ένωση σε διαφορετικά στυλ, όπως συρμάτινο πλαίσιο, μπάλα και ραβδί, σωλήνες, σφαίρα και κύλινδρος^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} και πολλά άλλα.

Λογισμικό Molecular Modeling για Windows 10

Ορισμένα από αυτά τα λογισμικά περιλαμβάνουν επίσης διαφορετικές χημικές ομάδες και δομές για τη διευκόλυνσή σας. Απλώς^(Simply) επιλέξτε τα και το χημικό σας μοντέλο είναι έτοιμο. Παραδείγματα χημικών ομάδων περιλαμβάνουν  αλκοόλες, βενζόλιο, αλδεΰδες, αμινοξέα^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)} κ.λπ. Εκτός από αυτό, μπορείτε επίσης να κάνετε χημικούς υπολογισμούς όπως  ενέργεια, μήκος δεσμού^{(energy, bond length)} κ.λπ.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Ας τους ρίξουμε μια ματιά.

1] Avogadro

 Το Avogadro^(Avogadro)  είναι ένα εξαιρετικό δωρεάν λογισμικό μοριακής μοντελοποίησης που συνοδεύεται από πολλές δυνατότητες. Η φιλική προς το χρήστη διεπαφή του καθιστά εύκολη την κατανόηση από τους χρήστες. Κατά την εκκίνηση του λογισμικού, θα δείτε μια μαύρη οθόνη και έναν πίνακα στην αριστερή πλευρά. Μπορείτε να αποκτήσετε πρόσβαση σε ορισμένα στοιχεία που χρησιμοποιούνται συνήθως από το " αναπτυσσόμενο μενού^{(drop-down menu)} " στον αριστερό πίνακα. Εάν θέλετε να αποκτήσετε πρόσβαση σε όλα τα στοιχεία, απλώς κάντε κλικ στο « άλλο^(other) » στο αναπτυσσόμενο μενού και το λογισμικό θα εκκινήσει τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} . Το στοιχείο που επιλέγετε από τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} θα είναι διαθέσιμο στην αναπτυσσόμενη λίστα.

Βήματα για να σχεδιάσετε μια χημική ένωση:

1. Επιλέξτε^(Select) ένα στοιχείο από το αναπτυσσόμενο μενού στον αριστερό πίνακα και κάντε κλικ στη μαύρη οθόνη για να το προσθέσετε.
2. Τώρα, επιλέξτε ένα άλλο στοιχείο από το αναπτυσσόμενο μενού.
3. Πατήστε παρατεταμένα το αριστερό κλικ του ποντικιού και σύρετέ το στο πρώτο στοιχείο για να το συνδέσετε με χημικό δεσμό. Μπορείτε επίσης να επιλέξετε τον τύπο του χημικού δεσμού, μονός, διπλός ή τριπλός.

Υπάρχουν διάφορα κουμπιά στη γραμμή εργαλείων του λογισμικού:

• Εργαλείο σχεδίασης^{(Draw tool)} : Σας επιτρέπει να σχεδιάσετε διαφορετικές μοριακές ενώσεις.
• Εργαλείο πλοήγησης^{(Navigation tool)} : Χρησιμοποιώντας το, μπορείτε να μετακινήσετε, να περιστρέψετε, να μεγεθύνετε και να σμικρύνετε το μοριακό μοντέλο.
• Εργαλείο χειρισμού με κεντρικό δεσμό^{(Bond centric manipulation tool)} : Επιλέξτε αυτό το εργαλείο και κάντε κλικ σε οποιονδήποτε από τους δεσμούς για να δείτε τη γωνία.
• Εργαλείο αυτόματης περιστροφής^{(Auto rotation tool)} : Επιλέξτε αυτό το εργαλείο και κάντε κλικ στο κουμπί « Έναρξη^(Start) ». Τώρα, πατήστε και κρατήστε πατημένο το αριστερό κλικ του ποντικιού και σύρετέ το προς οποιαδήποτε κατεύθυνση. Αφήστε το αριστερό κλικ και το μοριακό μοντέλο θα αρχίσει να περιστρέφεται αυτόματα.

Εάν θέλετε να αλλάξετε το μέγεθος του μήκους του δεσμού των ενώσεων αυτόματα, μεταβείτε στην επιλογή " Extensions > Optimize Geometry " ή πατήστε " Ctrl+Alt+O ". Για να υπολογίσετε την ενέργεια, μεταβείτε στο " Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy ."

Αποθήκευση του αρχείου^{(Saving the File)} : Μπορείτε να αποθηκεύσετε το έργο σας σε πολλές μορφές, όπως  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM . Εκτός από αυτό, είναι επίσης διαθέσιμη μια επιλογή εξαγωγής, με την οποία μπορείτε να αποθηκεύσετε το έργο σας σε  PDF, SVG, BMP, JPG, PNG κ.λπ.

2] MoluCAD

Το MoluCAD^(MoluCAD)  είναι ένα άλλο δωρεάν δωρεάν λογισμικό μοριακής μοντελοποίησης σε αυτήν τη λίστα. Όπως το Avogadro , έρχεται επίσης με πολλά χαρακτηριστικά. Σε αυτό το λογισμικό, μπορείτε να προβάλετε 2D και 3D προβολές δίπλα. Ορισμένα στοιχεία που χρησιμοποιούνται συνήθως είναι διαθέσιμα στον αριστερό πίνακα του λογισμικού. Για να το προσθέσετε στον κύριο χώρο, απλώς κάντε κλικ σε οποιοδήποτε από τα στοιχεία. Εάν το στοιχείο που θέλετε να προσθέσετε δεν είναι διαθέσιμο εκεί, μπορείτε να το επιλέξετε από τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} . Για να δείτε τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} , κάντε δεξί κλικ στο μαύρο κενό και κάντε κλικ στο κουμπί « Προσθήκη ατόμου^{(Add Atom)} ».

Βήματα για να σχεδιάσετε μια χημική ένωση:

1. Κάντε κλικ^(Click) σε οποιοδήποτε από τα στοιχεία στον αριστερό πίνακα για να το προσθέσετε.
2. Κάντε κλικ^(Click) σε ένα άλλο στοιχείο για να το προσθέσετε ή μπορείτε να το επιλέξετε από τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} .
3. Για να συνδέσετε τα στοιχεία, μεταβείτε στο « Add > Bonds – Connect Atoms » και επιλέξτε τον τύπο του χημικού δεσμού. Τώρα κάντε κλικ στο πρώτο άτομο και μετά κάντε κλικ στο δεύτερο.

Εκτός από στοιχεία, μπορείτε να προσθέσετε και ενώσεις. Στο δεξιό πλαίσιο, θα βρείτε διαφορετικά  μόρια, αμινοξέα, λειτουργικές ομάδες, άτομα μεμονωμένων ζευγών^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} κ.λπ. Επιλέξτε οποιαδήποτε δομή και σύρετέ την στον κύριο χώρο. Μπορείτε να υπολογίσετε την ενέργεια των μορίων κάνοντας κλικ στο « Energy > Evaluate Energy ».

Χρησιμοποιώντας το μενού " Ερώτημα^(Query) ", μπορείτε να υπολογίσετε την  απόσταση μεταξύ δύο ατόμων, το μήκος δεσμού, τη γωνία δεσμού, τη γωνία στρέψης, το κέντρο μάζας^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)} κ.λπ. Μπορείτε να προβάλετε την τρισδιάστατη δομή σε τέσσερις διαφορετικές προβολές,  επάνω, μπροστινή, πλάγια και λοξός^{(top, front, side, and oblique)} . Μεταβείτε στην επιλογή « View > Graphics Mode » για να προβάλετε το μοντέλο σε διαφορετικές μορφές, όπως  μπάλα και μπαστούνι, πλήρωση χώρου, σωλήνες^{(ball & stick, space fill, pipes)} και άλλα.

Αποθήκευση του αρχείου^{(Saving the file)} : Μπορείτε να αποθηκεύσετε το έργο σε μορφή MCD . Εάν χρησιμοποιείτε την επιλογή « Εξαγωγή^(Export) » στο μενού « Αρχείο^(File) », μπορείτε να αποθηκεύσετε το έργο σας σε  μορφές JPEG  και  Windows BITMAP  .

3] ArgusLab

Το ArgusLab^(ArgusLab)  είναι ένα άλλο φιλικό προς το χρήστη λογισμικό μοριακής μοντελοποίησης που συνοδεύεται από εύκολα κατανοητά χαρακτηριστικά. Χρησιμοποιώντας αυτό το λογισμικό, μπορείτε να δημιουργήσετε τη δομή διαφορετικών χημικών ενώσεων. Στον αριστερό πίνακα του λογισμικού, διατίθενται τρεις καρτέλες:

• Άτομα^(Atoms) : Αυτή η καρτέλα περιέχει διαφορετικά στοιχεία του Περιοδικού Πίνακα^{(Periodic Table)} . Κάνοντας κλικ σε κάθε άτομο, το λογισμικό εμφανίζει τη γεωμετρία του. Κάντε κλικ^(Click) στο κουμπί « Περιοδικός Πίνακας^{(Periodic Table)} » για να εκκινήσετε τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} .
• Δαχτυλίδια^(Rings) : Εδώ, θα λάβετε διαφορετικούς τύπους χημικών δομών δακτυλίων.
• Αμινοξέα^{(Amino Acids)} : Αυτή η καρτέλα δείχνει διαφορετικούς τύπους αμινοξέων. Σε αυτήν την καρτέλα, είναι επίσης διαθέσιμο το " Polypeptide Builder ".

Βήματα για την κατάρτιση χημικής ένωσης:

1. Κάντε κλικ στην καρτέλα " Atom " στον αριστερό πίνακα για να προσθέσετε ένα στοιχείο.
2. Επιλέξτε^(Select) οποιοδήποτε από τα διαθέσιμα στοιχεία. Εάν το στοιχείο που επιθυμείτε δεν υπάρχει, μπορείτε να επιλέξετε το ίδιο από τον " Περιοδικός Πίνακας^{(Periodic Table)} ."
3. Χρησιμοποιήστε^(Use) δεξί κλικ για να τοποθετήσετε το στοιχείο στον παρεχόμενο χώρο.
4. Επιλέξτε^(Select) άλλο στοιχείο. Τώρα, επιλέξτε το τελευταίο στοιχείο χρησιμοποιώντας το αριστερό κλικ και τοποθετήστε το άλλο στοιχείο χρησιμοποιώντας το δεξί κλικ. Αυτό θα ενώσει τα δύο στοιχεία και θα σχηματίσει μια ένωση.
5. Για να προσθέσετε δακτυλίους και αμινοξέα στο χώρο, ακολουθήστε τα ίδια βήματα.

4] Ascalaph Designer

Το Ascalaph Designer^{(Ascalaph Designer)}  είναι ένα ακόμη καλό δωρεάν λογισμικό μοριακής μοντελοποίησης. Το καλύτερο μέρος του λογισμικού είναι ότι δεν χρειάζεται να το εγκαταστήσετε στον υπολογιστή σας. Συνοδεύεται από ένα εκτελέσιμο αρχείο. Το λογισμικό θα ληφθεί σε μορφή zip. Αφού το εξαγάγετε, θα βρείτε το εκτελέσιμο αρχείο στον φάκελο “ bin ”.

Βήματα για να σχεδιάσετε μια χημική ένωση:

1. Πατήστε " Ctrl+N " για να ξεκινήσετε ένα νέο έργο.
2. Για να προσθέσετε στοιχεία, πρέπει να ανοίξετε τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} . Για αυτό, μεταβείτε στην ενότητα " Build > Free Drawing ".
3. Επιλέξτε^(Select) οποιοδήποτε από τα στοιχεία και τοποθετήστε τα στο χώρο πατώντας τα πλήκτρα “ Ctrl+Shift ”.
4. Τοποθετήστε ένα άλλο στοιχείο χρησιμοποιώντας το παραπάνω βήμα και σύρετέ το στο τελευταίο στοιχείο για να τα συνδέσετε με έναν χημικό δεσμό.

Μπορείτε να δείτε κάθε ένωση σε διαφορετικές μορφές όπως  μπάλα και ραβδί, συρμάτινο πλαίσιο, CPK^{(ball and stick, wireframe, CPK)} κ.λπ., κάνοντας κλικ στα κουμπιά στο δεξιό πλαίσιο. Όταν επιλέγετε οποιοδήποτε στοιχείο από τον Περιοδικό Πίνακα^{(Periodic Table)} , εμφανίζει πρόσθετες πληροφορίες όπως  όνομα στοιχείου, υβριδοποίηση, ομοιοπολικές δυνάμεις έλξης και Van Der Waals^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} . Κάντε κλικ στο μενού  « Ανάλυση » για να εκτελέσετε διαφορετικούς υπολογισμούς, όπως ^(Analyze)ενέργεια, θερμοκρασία, πίεση, διπολική ροπή^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} κ.λπ.

Αποθήκευση του αρχείου^{(Saving the file)} : Μπορείτε να αποθηκεύσετε το έργο σας μόνο στις δικές του μορφές, συμπεριλαμβανομένων των  mim, hin, xmol ,  mmol, smol,  κ.λπ. Αυτό είναι το μειονέκτημα αυτού του δωρεάν λογισμικού.

Ελπίζουμε να βρήκατε αυτή την ανάρτηση χρήσιμη για τα έργα σας στο σχολείο και στο κολέγιο.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will cover the best free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Το καλύτερο δωρεάν λογισμικό Barcode Scanner για Windows 10

• Το καλύτερο λογισμικό δωρεάν προσομοίωσης κυκλώματος για Windows 10

• Το καλύτερο δωρεάν λογισμικό απομακρυσμένης επιφάνειας εργασίας για Windows 10

• Το καλύτερο δωρεάν λογισμικό χαρτογράφησης Drone για Windows 10

• Οι καλύτερες εφαρμογές IP Camera για Windows 10 PC και Android Phone

• Οι καλύτερες δωρεάν εφαρμογές ποίησης και συγγραφής αποσπασμάτων για Windows 10

• Το καλύτερο λογισμικό αναγνώρισης ομιλίας για Windows 10

• Το καλύτερο δωρεάν λογισμικό τεχνητής νοημοσύνης για Windows 10

• Καλύτερο δωρεάν πρόγραμμα αναπαραγωγής ηχητικών βιβλίων για Windows 10

• Το καλύτερο δωρεάν λογισμικό DBF File Viewer για Windows 10

• Το καλύτερο λογισμικό TV Tuner για υπολογιστή Windows 10

• Geek Uninstaller – Ένα φορητό all-in-one Uninstaller για Windows 10

• Tomboy, μια απλή αλλά πλούσια σε δυνατότητες εναλλακτική λύση Σημειωματάριο για Windows 10

• Recordit: Δωρεάν συσκευή εγγραφής οθόνης GIF για Windows 10

• Το ClickChart είναι ένα δωρεάν λογισμικό Diagram & Flowchart για Windows 10

• Δημιουργήστε απλές σημειώσεις με το PeperNote για Windows 10

• Το καλύτερο δωρεάν λογισμικό σχεδίασης PCB για Windows 10

• Το καλύτερο δωρεάν λογισμικό FTP Client για υπολογιστή Windows 10

• Παρακολουθήστε ψηφιακή τηλεόραση και ακούστε ραδιόφωνο στα Windows 10 με το ProgDVB

• Μετακινήστε τα εγκατεστημένα προγράμματα χρησιμοποιώντας το Application Mover στα Windows 10